Trong suốt quá trình phát triển Red và Green, tất cả các Pokémon được thiết kế bởi Ken Sugimori, một người bạn lâu năm của Tajiri và một nhóm ít hơn mười người,[14] bao gồm Atsuko Nishida, người được coi là nhà thiết kế ra Pikachu.[15][16] Vào năm 2013, một nhóm gồm 20 họa sĩ đã làm việc cùng nhau để tạo ra các thiết kế loài mới. Một ủy ban gồm năm người sẽ xác định thiết kế nào sẽ được thêm vào các trò chơi, với Sugimori và Hironobu Yoshida hoàn thiện diện mạo của từng sinh vật.[14][17] Hơn nữa, Sugimori chịu trách nhiệm về Pokémon huyền thoại xuất hiện trên bìa game và tất cả các tác phẩm nghệ thuật chính thức cho các trò chơi.[14][18] Theo Yoshida, số lượng thiết kế Pokémon bị từ chối nhiều gấp năm đến mười lần so với số lượng được hoàn thành trong mỗi trò chơi.[17] Trong những trường hợp hiếm hoi, các thiết kế bị từ chối được đưa trở lại và phát hành trong các thế hệ sau.[19] Shigeru Ohmori, đạo diễn của trò chơi Sun và Moon, thừa nhận rằng việc tạo ra Pokémon mới đã trở thành một nhiệm vụ khó khăn với số lượng Pokémon khổng lồ được thiết kế trong lịch sử 20 năm của thương hiệu.[20] Mỗi lần lặp lại của bộ truyện đã mang lại sự khen ngợi và chỉ trích đối với nhiều sinh vật.[21]Các thiết kế cho Pokémon thường rất giống với các sinh vật ngoài đời thực, nhưng cũng bao gồm các vật thể vô tri.[21] Đạo diễn Junichi Masuda và nhà thiết kế đồ họa Takao Unno đã tuyên bố rằng cảm hứng cho các thiết kế Pokémon có thể đến từ bất cứ điều gì. Sự đa dạng của động vật và văn hóa trên khắp thế giới cung cấp nền tảng cho vô số ý tưởng được đưa vào nhượng quyền thương mại.[22] Môi trường mà Pokémon sẽ sống được tính đến khi chúng được thiết kế.[23] Comfey giống như lei phù hợp với vùng Alola của Sun và Moon lấy cảm hứng từ Hawaii.[20] Masuda đã tuyên bố rằng mỗi yếu tố của một thiết kế có một lý do hoạt động.[23] Trong một số trường hợp, nhóm thiết kế tạo ra dấu chân mà Pokémon có thể tạo ra và thiết kế một sinh vật xung quanh đó.[24] Một số nhà thiết kế tìm đến cơ chế trò chơi để tìm cảm hứng, xem nơi kết hợp gõ cụ thể có thể thú vị.[20] Việc gán gõ thay đổi trong quá trình thiết kế, đôi khi Pokémon nhận được một hệ sau khi nó được tạo và lần khác chúng được thiết kế xung quanh một loại cụ thể.[25] Mỗi Pokémon có chiều cao và cân nặng cụ thể.[26]

Nguồn gốc đơn giản hơn của các thiết kế trong Thế hệ I đã thúc đẩy sự phức tạp lớn hơn trong các trò chơi sau này.[21] Thiết kế, nói chung, đã trở nên ngày càng phức tạp và theo chủ đề trong các trò chơi mới hơn.[18] Chẳng hạn, Sneasel, lấy cảm hứng từ yêu quái Nhật Bản kamaitachi, những sinh vật thần thoại với móng vuốt sắc bén, nhanh nhẹn, săn mồi theo bầy. Những yếu tố này đều được tìm thấy trong thiết kế và đặc điểm của Sneasel.[27] Chẳng hạn, Pokémon mới được giới thiệu trong Thế hệ VI, chịu ảnh hưởng rất lớn từ văn hóa và hệ động vật ở Châu Âu (cụ thể là Pháp).[18] Tuy nhiên, bằng việc phát hành X và Y vào năm 2013, Sugimori tuyên bố ông mong muốn thiết kế Pokémon trở lại với cội nguồn đơn giản hơn của nhượng quyền thương mại.[28]

Masuda coi Pokémon khởi đầu là một trong những điều quan trọng nhất trong nhượng quyền thương mại; Yoshida đi xa hơn và gọi họ là "bộ mặt của thế hệ đó" và nói rằng "họ là những người nên có trên bộ".[17] Ba Pokémon khởi đầu của mỗi thế hệ là các hệ Cỏ, Nước và Lửa, một bộ ba mà Masuda cho là dễ hiểu nhất đối với người chơi mới.[25] Trong một cuộc phỏng vấn với GamesRadar vào năm 2009, Masuda tuyên bố rằng các Pokémon đơn giản mất khoảng sáu tháng để thiết kế và phát triển, trong khi Pokémon đóng vai trò quan trọng hơn trong các trò chơi (như Pokémon khởi đầu) có thể mất hơn một năm. Masuda nói thêm: "Chúng tôi cũng muốn nhà thiết kế có nhiều tự do nhất có thể, chúng tôi không muốn thu hẹp trí tưởng tượng của họ bằng cách nói 'Chúng tôi muốn loại Pokemon này'. Khi chúng tôi nói chuyện với nhà thiết kế, chúng tôi luôn nhấn mạnh rằng họ không nên nghĩ về Pokemon nhất thiết, mà thay vào đó nên sáng tạo nhất có thể." Sau khi Pokémon được thiết kế, nó được gửi đến "Nhà sản xuất chiến đấu", người quyết định những bước di chuyển và chỉ số mà Pokémon nên có.[10]